ഭൂജലവകുപ്പ് ഭൂജലവികസനത്തിനുള്ള ഒരു നോഡൽ ഏജൻസിയായി സംസ്ഥാനത്ത് പ്രവർത്തിച്ച് വരുന്നു. കൃഷി വകുപ്പിന്റെ ഭാഗമായിരുന്ന ഭൂജലവകുപ്പ് 1978 –ൽ സ്വതന്ത്രവകുപ്പായി സംസ്ഥാനത്ത് കേരള ജലവിഭവ വകുപ്പിന് കീഴിൽ പ്രവർത്തനം ആരംഭിച്ചു.  വകുപ്പിന്റെ ആദ്യകാല പ്രവർത്തനങ്ങൾ മുഖ്യമായും സംസ്ഥാനത്തെ കാർഷിക പുരോഗതിയെ ലക്ഷ്യമിട്ടുള്ളതായിരുന്നു.  എന്നാൽ പിന്നീട് വകുപ്പിന്റെ പ്രവർത്തനം കുടിവെള്ളത്തിനായുള്ള പദ്ധതികളിലേയ്ക്കും വ്യാപിച്ചു. നിലവിൽ ഭൂജലസ്രോതസ്സിന്റെ പരിപാലനം,  ഭൂജല സംപോഷണം എന്നീ മേഖലകളിൽ കൂടി വകുപ്പ് പ്രവർത്തനങ്ങൾ വ്യാപിപ്പിച്ചിട്ടുണ്ട്.

സംസ്ഥാന ജലവിഭവ വകുപ്പിന് കീഴിൽ ഭൂജലവകുപ്പ് പ്രവർത്തിച്ചു വരുന്നു.  ഡയറക്ടറാണ് വകുപ്പിന്റെ തലവൻ. ഭൂജലവകുപ്പിന്റെ ആസ്ഥാന കേന്ദ്രം തിരുവനന്തപുരം ജില്ലയിലെ ജലവിജ്ഞാന ഭവനിലാണ്.  പദ്ധതികൾ നടപ്പിലാക്കുന്നതിനായി 14 ജില്ലകളിലായി 14 ജില്ലാ ഓഫീസുകളും, തിരുവനന്തപുരം, എറണാകുളം, കോഴിക്കോട് എന്നീ ജില്ലകളിലായി ജല ഗുണനിലവാര പരിശോധന ലാബുകളും കൊല്ലത്ത് ഒരു വർക്ക്ഷോപ്പ് & സ്റ്റോഴ്സും ഭൂജലവകുപ്പിനുകീഴിൽ പ്രവർത്തിച്ചുവരുന്നു.  ഭൂജലവകുപ്പിൽ താഴെ പറയും പ്രകാരം 5 വിംഗുകളാണുള്ളത്.

1. ഹൈഡ്രോജിയോളജി
2. എഞ്ചിനീയറിംഗ്
3. ജിയോഫിസിക്സ്
4. ഹൈഡ്രോകെമിസ്ട്രി
5. ഹൈഡ്രോളജി

ഇതു കൂടാതെ സാമ്പത്തിക കാര്യങ്ങൾ നിർവ്വഹിക്കുന്നതിനായി ഒരു ഫിനാൻസ് വിംഗും ഭരണപരമായ കാര്യങ്ങൾ നിർവ്വഹിക്കുന്നതിനായി അഡ്മിനിസ്ട്രേഷൻ വിഭാഗവും വകുപ്പിലുണ്ട്.