ഭൂജല പരിപോഷണ സംവിധാനങ്ങളിലൂടെ ഭൂജലത്തിന്റെ അളവ് വർദ്ധിപ്പിക്കുന്നതിനാവശ്യമായ നടപടികൾ ഈ പദ്ധതിയിൻ കീഴിൽ നടപ്പിലാക്കി വരുന്നു.  ഭൂജല പരിപോഷണ മാർഗ്ഗങ്ങൾ അവലംബിക്കുന്നതു വഴി ദീർഘകാലാടിസ്ഥാനത്തിൽ വരൾച്ചയെ പ്രതിരോധിക്കുന്നതിനും കഴിയുന്നതാണ്. തുറന്ന കിണർ/ റീചാർജ്ജ് പിറ്റ്, കുഴൽകിണർ, അടിയണകൾ, അനുയോജ്യമായ പ്രദേശങ്ങളിൽ ചെറിയ തടയണകളുടെ നിർമ്മാണം വഴിയുള്ള ഭൂജല പരിപോഷണം എന്നിവ ഈ പദ്ധതിയിലൂടെ വിഭാവനം ചെയ്യുന്നു. കേരളത്തിലെ അമിത ചൂഷിത, ക്രിട്ടിക്കൽ, സെമി ക്രിട്ടിക്കൽ ബ്ലോക്കുകളിൽ ഭൂജല സംപോഷണ പ്രവത്തനങ്ങൾക്ക് കൂടുതൽ പ്രാധാന്യം നൽകി വരുന്നു.